《方案》明确，严禁在自然保护区内新设矿业权，自然保护区内已设矿业权全部纳入处置范围；坚持依法有序原则，在查清现状的基础上，对自然保护区内已设矿业权，成熟一批、处置一批，确保整改时效；坚持依法补偿原则，切实保障矿业权人合法权益。
《方案》强调，自然保护区矿业权处置工作，按照确定自然保护区范围、清理核实矿业权情况、实施矿业权处置、组织开展检查验收、相关证照的处理、矿业权价款退还的程序有序进行。要坚持实事求是分类处置：一是环境影响评价报告未经主管部门批准的矿山予以关闭。二是已过期的矿业权，依法由登记机关予以公告废止。三是勘查开采范围部分与自然保护区重叠的，扣除重叠部分，并与自然保护区保持适当间距；勘查开采范围大部分或全部与自然保护区范围重叠的，依法有序退出。
《方案》规定，自然保护区矿业权处置工作，由省辖市、省直管县（市）政府负责组织实施，国土、公安、财政、人社、环保、水利、农业、林业、工商、安监和电力等部门和单位按照责任分工做好相关工作。
